Đến lúc này con đường đến thủ đô Viên của đế quốc Áo đã hoàn toàn rộng mở cho quân đội Phổ và sự sụp đổ của vương triều Habsburg là điều hoàn toàn có thể xảy ra. Tuy nhiên đến cuối cùng Thủ tướng Bismarck đã thuyết phục vua Phổ là Wilhelm I ngừng cuộc tiến công của Quân đội Phổ vì chiến tranh tiếp tục sẽ chỉ làm lợi cho đế quốc Nga và Pháp. Cuộc chiến tranh kết thúc sau 7 tuần giao tranh với thắng lợi hoàn toàn thuộc về Vương quốc Phổ. Với chiến thắng này, uy tín của Bộ Tổng Tham mưu Phổ được nâng cao.[16]

Vào ngày 23 tháng 8 năm 1866, diễn ra lễ ký kết hòa ước Prague giữa Đế quốc Áo và Vương quốc Phổ để kết thúc chiến tranh. Và theo nội dung hòa ước thì liên bang Đức chính thức tan rã; Phổ sẽ thôn tính xứ Hannover và Hessen-Kassel; Áo phải nhượng lại xứ Holstein cho Phổ; bồi thường 1 khoản chiến phí nhỏ và nhượng lại xứ Venezia cho Ý, đồng minh của nước Phổ, mặc dù quân đội Ý đã thua trận Custoza trên bộ và trận Lissa trên biển[17]. Như vậy với bản hòa ước này Phổ đã thôn tính được toàn bộ các bang miền Bắc nước Đức đồng thời kiểm soát quân đội và chính sách đối ngoại miền Nam Đức, tạo điều kiện cho nước Đức thống nhất.

Còn nước Áo thảm bại trong cuộc chiến tranh nên buộc lòng phải rút khỏi liên bang Đức và không còn bất kì quyền hành nào ở miền Nam nước Đức. Vương triều Habsburg muốn duy trì quyền thống trị ở Châu Âu đã phải thoả hiệp với vương quốc Hungary đang nằm dưới quyền cai trị của mình. Mùa hè 1867, đế quốc Áo và vương quốc Hungary đã hợp nhất thành đế quốc Áo-Hung ("Song quốc quân chủ"). Đế quốc này tồn tại cho đến khi sụp đổ vào tháng 11 năm 1918.

Sự khai thác các công nghệ đường sắt và điện báo đang trỗi dậy, cùng với việc sử dụng vũ khí nạp hậu đã đem lại cho quân đội Phổ thắng lợi chóng vánh trong cuộc chiến tranh này. Điều này được xem là một thành quả của việc thành lập Bộ Tổng tham mưu Phổ.[18]